Bahagian Audit Dalam telah ditubuhkan pada bulan April 1993 dan ditempatkan di Pejabat Bendahari. Pada bulan Jun 1996 Bahagian Audit Dalam telah dipindahkan ke Pejabat Naib Canselor dan bertanggungjawab secara langsung kepada Naib Canselor. Penubuhan Bahagian ini adalah selaras dengan Pekeliling Am Bilangan 2, tahun 1979 (diganti dengan Surat Pekeliling Am Bilangan 3, Tahun 1998). Fungsi Bahagian ini adalah untuk membantu pihak pengurusan dalam perancangan operasi dan kawalan dengan membuat penilaian, analisa, cadangan dan memberi pandangan yang bebas melalui laporan audit. Ini dilakukan dengan membuat penilaian ke atas risiko yang dihadapi, menilai dan memperbaiki kawalan dalaman, mengesyorkan penambahbaikan dan keberkesanan sesuatu fungsi dan menentukan arahan dan peraturan Universiti serta kerajaan yang diterimapakai dipatuhi.